Сезон третий "Двух холмов" подхватывает нить спустя полгода после прошлых потрясений. Зима застает приматов и их спутниц в московском метро, где они пытаются выстроить свой хрупкий мир под началом Барона. Но спокойствие обманчиво, и очередная вылазка на поверхность оборачивается таинственным исчезновением Геры, вновь ставя всех перед лицом неизвестности.
В этой нестабильной реальности появляется Юлик, бывший Хранитель, который сам не помнит, кто он. Приматы видят в нем инструмент, однако понимание и помощь он находит у Рады. А тем временем из прошлого Дедова отряда возникает новая угроза — Анатолий, затеявший в столице амбициозный и опасный проект по созданию нейросети.
История этого сезона — это дорога, на которую решаются ступить герои. Их путь к Анатолию пролегает не только через руины города, но и через внутренние конфликты, старые раны и необходимость сделать выбор, от которого будет зависеть будущее всех, кто остался под двумя холмами.